שלום הרב האם אפשר לכתחילה להחשיב פרשת וזאת הברכה שקורים בתוך התיקון לאחד מקרא ?

אפשר, אך יותר טוב לקרא כל פסוק שמו"ת כמש"כ כה"ח בסימן רפה' ע"פ האר"י, וכ"ה בברכ"י. ותו דיותר נכון לקרא שמו"ת ביום ולא בלילה, כמש"כ מחב"ר וכה"ח הנ"ל.